Кристоф Лемер родился в маленьком городе Безансон на востоке Франции в апреле 1965 года. Свое детство он описывает как «скучное, типичное для французской буржуазной семьи»: разведенные родители, богемное окружение, путешествия в Париж и Сенегал, учеба в школе-интернате. Его дядя, Робер Кайе, был издателем французского Vogue во времена Франсин Кресент.

Прикладное образование в сфере моды ему обеспечили стажировки в Yves Saint Laurent, Thierry Mugler и Jean Patou. В последнем Кристоф Лемер познакомился с Кристианом Лакруа, который в то время работал над кутюрными коллекциями дома. Лакруа так впечатлила работа молодого Лемера, что позже, запустив свою собственную марку одежды в 1987 году, он предложил Кристофу возглавить ее женскую линию.
В 1991-м Кристоф Лемэр начал создавать одежду для собственного именного бренда: сначала женскую, а потом и мужскую. Позже в беседе с Interview дизайнер признавался, что первые коллекции были недостаточно зрелыми («Как будто я прыгнул в воду, не научившись плавать»). Однако, по многим оценкам, в них уже прослеживался собственный, отличный от других дизайнеров стиль — графичный, чистый, расслабленный, но при этом точный. Уже в 1992 году его удостоили премии ANDAM.
Запуск собственной марки оказал на Лемера отрезвляющее действие: он занимался не только дизайном, но и другими составляющими бизнеса (самим производством, финансами, менеджментом), поэтому очень быстро устал. И, наверное, именно поэтому, когда в 2001 году Лемеру поступило предложение занять позицию креативного директора Lacoste, он решил временно приостановить работу собственной компании (и возобновил ее лишь в 2006 году).
Работа в Lacoste поставила перед Кристофом новую задачу — обновить и оживить стиль бренда, но при этом не игнорировать 70-летние традиции компании. Возможно, благодаря стажировкам в авторитетных домах Yves Saint Laurent и Jean Patou, где архивам всегда уделяли должное внимание, он отлично справлялся с поставленной задачей каждый сезон, придумывая новые вариации теннисных юбок, рубашек-поло и олдскульных джемперов в стиле преппи — и в стиле Lacoste.
В 2010 году Лемеру позвонил глава Hermès, предложив должность креативного директора. Новость, что молодой дизайнер займет место Жан-Поля Готье, стала сюрпризом для модных критиков, ведь сотрудничество с ним принесло бренду большой коммерческий успех. В Hermès Кристоф Лемер проработал четыре года и все это время объединял богатые традиции с собственным видением современной моды.
В октябре 2014 года Лемер показал последнюю коллекцию для Hermès сезона весна-лето 2015 и отправился в свободное плавание. Он направил все силы на работу над собственным брендом Lemaire в сотрудничестве с креативным партнером Сарой-Лин Тран и на линию Uniqlo U японского масс-маркет бренда Uniqlo.